当一方不同意进行司法亲子鉴定时，法院通常不会强制进行。然而，你可以采用举证的方法向法院提供证据，以获得有利于自己的判决。如果无法提供证据，那么在婚姻关系存续期间妻子所生的孩子将被推定为婚生子女。
在诉讼中，司法亲子鉴定结果可以作为证据使用，但其直接证明效力仅限于证明血缘身份关系，而且通常只在伦理层面上起证明作用。如果需要超过这种证明力，就需要与其他证据形成证据链条。特别是不能仅凭司法亲子鉴定结果来否认鉴定人之间的法律父母或子女关系。
由于亲子鉴定涉及到人身权益，不可强制进行，应当坚持自愿原则，并综合考虑双方的申请、证据和孩子的情况来做出判断。如果一方提出亲子鉴定申请，而另一方无正当理由拒绝同意，导致无法确认亲子关系的情况下，可以根据《婚姻法解释三》第2条规定：夫妻中的一方向人民法院起诉请求确认亲子关系不存在，并已提供必要证据予以证明，而另一方没有相反证据且拒绝进行亲子鉴定，人民法院可以推定请求确认亲子关系不存在的一方的主张成立。当事人中的一方提起诉讼请求确认亲子关系，并提供必要证据予以证明，而另一方没有相反证据且拒绝进行亲子鉴定，人民法院可以推定请求确认亲子关系的一方的主张成立。
亲子鉴定可以分为司法亲子鉴定和非司法亲子鉴定两种形式。非司法亲子鉴定通常指个人亲子鉴定，当事人可能在不知情的情况下提供样本进行鉴定，以确认或否定存在亲子关系。然而，司法亲子鉴定要求所有当事人都出席，并提供有效的身份信息证明。在这种情况下，当事人是知情的。如果有一方不同意参与，那么无法进行鉴定。当然，如果孩子合作，且男性或女性一方不愿意参与，如果条件允许，可以先进行单方面的司法亲子鉴定，以作为证据。只是可能会出现未参与的父亲或母亲不承认单方亲子鉴定结果，需要重新进行父母和孩子三方参与的司法亲子鉴定。
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