亲子鉴定原理基于孟德尔遗传学。根据该原理，子女的基因型是从母亲和父亲那里分别获得一半基因。
孟德尔遗传学包括分离定律和独立分配定律。分离定律指的是在配子形成过程中，决定生物体遗传性状的一对等位基因会相互分开进入不同的配子。而独立分配定律则是指当多于两对等位基因进入一个配子时，它们会自由组合并相互独立，后代的基因型则是通过雌配子和雄配子随机受精来决定。
将这些原理应用到亲子鉴定中，可以解释为：
首先，人类是二倍体生物，因此每个基因位点都有两个数字，分别来自母亲和父亲。相同的数字表示纯合子，而不同的数字表示杂合子。
其次，在DNA数据中选择的21个人类遗传标记位点中，每个基因位点出现两个基因座的随机可能性超过了45的20次方。因此，通过DNA确认个体足以区分地球上的人类个体（除了同卵多胞胎的情况）。
最后，在传代过程中，每个基因位点会分离出两个配子。父母每个位点传递给子代的一个配子。符合遗传规律的位点意味着大人和小孩在相同的基因位点上有一个完全相同的数字。
因此，根据孟德尔遗传学原理，在进行DNA检测以判断亲子关系时，可以确信地确认亲子关系。因此，亲子鉴定在司法领域具有应用价值，并常被作为最科学、最公正、最直接的证据来证明。
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