对于亲子鉴定DNA数据库的个体样本采集，如果可能的话，法医学DNA分型的群体数据库应该包含已知种族的无关个体样本。然而，由于许多实验室使用匿名样本，这在实践中是不可行的。此外，种族的分类通常过于主观，可能只是基于表观特征或文化类型的划分。采集到的个体样本可能并非仅具有一种明确的种族背景，从文化角度看也可能被归类为另一种族，而非根据生物学特征来分类。最后，被收养或来自人工授精的人往往对自己真正的遗传背景一无所知。
虽然无法完全排除存在血缘关系的个体，但数据库中存在的这些样本并不足以使等位基因频率的估计失效。只有当数据库中包含可能影响后代受精或生育的特定基因座相关个体时，等位基因频率的估计才会发生系统偏差。然而，在人类个体识别中使用的遗传标记通常可以避免这种类型的采样偏差。收集与目标个体无关的样本的主要目的是通过增加独立等位基因的数量来提高等位基因频率的估计精度。
在选择DNA数据库个体样本时，应事先不知道所检测基因座的分型，以确保样本选择的随机性。通常采集来自血液捐赠者或医院志愿者的样本。在许多情况下，需要根据人类学特征仔细划分群体样本，以明确定义群体的种族。然而，在法医学DNA数据库中并不一定需要获取详细信息，个体自称所属的民族是对样本进行民族分类的适当方法。
一般而言，在大多数法医学数据库中，对民族进行一般分类已足够。除非研究的是一个与众不同的人群，比如美国土著民族阿帕契印第安人。对全美各个群体的检测结果显示，同一种族内样本间等位基因频率的差异非常小。举例来说，佛罗里达和弗吉尼亚白人的常见等位基因（如等位基因11）的频率分别为0.323和0.317，相当接近。因此，如果比较佛罗里达和弗吉尼亚白人的群体数据，DNA分型频率的估计不会有明显差异。
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