为确保亲子鉴定协力义务履行的有效性，可以采取多种保障措施。根据综合亲子鉴定比较法的观点，大部分国家在解决亲子关系诉讼中证明妨碍问题时规定了直接强制、间接强制措施、证明责任转换、自由心证等方法。由于亲子鉴定不仅涉及诉讼双方，还关系到子女和第三人的人身及财产权益，同时也涉及名誉权、身体权、隐私权、知情权等私权利。因此，在处理这类问题时需要针对具体案件采取不同的处理方式。考虑到我国的立法现状和现实情况，当协力义务人拒绝配合时，应首先采取间接强制方法，即通过拟制真实来迫使其履行义务。结合我国现有的《证据规定》第75条和《婚姻法解释（三）》第二条的规定进行处理，而不宜采用直接强制方式。同时，法官也可以根据当事方的拒绝情况对其处以罚款或拘留。对于罚款数额，应根据情节轻重确定，但应高于一般消极拒绝配合的程度，以产生威慑效果。如果第三人无正当理由拒绝配合鉴定，法官不能对其做出不利推定，因此虽然不能直接强制其配合，以避免过度侵犯其人身权利，但可以对其处以罚款或拘留。然而，对待诉讼当事人时不宜适用推定规定。
法官在采用间接强制措施之前，即不利推定之前，有责任向无正当理由拒不履行协力义务的当事人解释案件情况。在做出不利于该当事人的裁决之前，法官应确保义务人充分了解违反法律义务可能带来的不利后果，并告知其享有申辩权利。换句话说，法官在确保当事人完全行使辩论权的基础上运用该推定。
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