同卵双胎亲子鉴定一般最好去正规医院进行，特别是有检验科、妇科或遗传科等优势的医院。这些医院具备做同卵双胎亲子鉴定所需的条件，他们拥有专业团队进行血液和抗体分析，能够更准确地做出判断，从而得出更准确的结论。尽量避免去非正规医院或检验室进行鉴定，因为有时可能会因为粗略的检验而导致误判，所以选择正规机构进行鉴定最好。
通常建议在双胞胎孩子出生后的8-10周进行双胎亲子鉴定，尤其是在研究双胞胎进展时。此时，双胞胎间的相似度会更加明显，因此可以得出更准确的结果。如果时间相距太远，细微的差别可能会被淹没或忽略。相反，在10周之后出生的双胞胎，则由于年龄的意外差异，可能会造成误判。
正规机构通常进行同卵双胎亲子鉴定时，会采用原位双胎检测技术。这项技术非常先进，通过行为记录和同一母亲的DNA构建来判断双胞胎是否为同卵双胎。全球大约有一百家机构具备这项技术，主要分布在美国、中国、加拿大等国家。中国的一些机构如望莱科技、艾森健康已开始提供原位双胎检测服务。
为了获得最准确的结果，建议在胎儿发育到8周左右时进行检测，此时胎儿已经有较明显的形态并且足够的DNA可供检测，因此检测效果更准确。
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