怀孕进行亲子鉴定的时间要根据国家或地区的法律规定而定。在中国大陆，根据现行的意见，可以在怀孕满6周以后进行亲子鉴定。超过这个时间点可以进行鉴定，但不能早于怀孕满1个月（4周）内。
亲子鉴定需要母亲和父亲提供血液样本、干细胞样本（又称组织芯片样本或细胞核样本）或新生婴儿的血液样本。
母亲和父亲必须由医院采集10 mL（1滴/克）以上的血液样本。
2. 提取干细胞样本是必须的，这些样本是连接母体的胚芽组织，并由产科或妇科科提取。
3. 母亲、父亲或新生婴儿必须提供新生婴儿的血液样本，样本由医院采集，要求提供不少于3毫升（0.3滴/克）的血液。
在得到父母同意的前提下，完成了样本的采集、运输、入库和标记程序后，才能进行亲子鉴定。为了准确高效地完成亲子鉴定，样本必须符合相关规定，并且需要进行专业技术操作和保存。
一般建议怀孕20周左右进行亲子鉴定，尽管可以在怀孕1-5周进行，但此时胎儿腹部较轻，可能会对其他细胞结构造成损伤，从而影响鉴定结果的准确性，因此推荐20周以后进行亲子鉴定。
亲子鉴定需要提取母亲的血液样本和胎儿的组织样本，通常会提取约3-5毫升的母亲血液样本；胎儿的组织样本可以使用不同的方法进行提取，如超声引导下的胎盘抽吸术（适用于怀孕超过10周），脐带抽吸术（适用于怀孕超过10周），皮下脐抽吸术等。如果宝宝有胎儿畸形且健康状况不佳，大多数情况下需要在出生后通过亲缘关系确认的方式提取胎儿的组织样本（尤其是脑组织）。
进行亲子鉴定抽取样本后，需处理样本进行分离。随后提取DNA，并运用基因序列分析和位点比对等方法进行父母与孩子的亲子鉴定，最终得到鉴定结果。
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