母亲若不愿意配合亲子鉴定，将有可能败诉。
一方若拒绝进行亲子鉴定，将面临败诉的风险，这是根据最新的新婚姻法司法解释三而制定的规定。根据新婚姻法解释(三)，夫妻一方向法院提起诉讼，要求确认亲子关系不存在，并已提供必要证据加以证明，而另一方没有反驳证据又拒绝做亲子鉴定的情况下，法院可以推定请求确认亲子关系不存在一方的主张成立。当事人一方提起诉讼，要求确认亲子关系，并提供必要证据加以证明，而另一方没有反驳证据又拒绝做亲子鉴定的情况下，法院可以推定请求确认亲子关系一方的主张成立。
亲子关系诉讼是属于身份关系诉讼的一种，主要包括否认婚生子女和认领非婚生子女的诉讼。也就是说，它涉及到是否承认法律上的亲子关系或者确认实际上的亲子关系。
现代生物医学技术的进步使得DNA鉴定技术被广泛用于证明子女与父母，尤其是与父亲之间的血缘关系。亲子鉴定技术操作简便，准确率较高，在诉讼中起到了至关重要的作用。全球已有120多个国家和地区将DNA技术直接作为判案的依据。
在处理亲子关系纠纷时，如果一方提供的证据能够形成合理的证据链条，证明当事人之间可能存在或不存在亲子关系，而另一方没有相反的证据，并且坚决不同意进行亲子鉴定，人民法院可以根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第七十五条的规定来处理。具体来说，法院可以推定请求否认亲子关系一方或请求确认亲子关系一方的主张成立，而不配合法院进行亲子鉴定的一方要承担败诉的法律后果。
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