胎儿亲子鉴定的实施方式有胎儿羊水亲子鉴定和母血胎儿亲子鉴定两种。胎儿羊水亲子鉴定是在孕周16-24周期间，通过提取羊水样本，利用DNA检测技术与可疑父亲的DNA进行比对分析，从而确定亲子关系。这种方法采用了STR分型检测和一代测序技术，所得到的DNA数据与婴儿出生后进行的亲子鉴定结果一致。在司法亲子鉴定中，胎儿羊水亲子鉴定作为一种强有力的科学依据，常被用于确认父子关系。然而，胎儿羊水亲子鉴定主要适用于个人亲子鉴定，并不满足司法亲子鉴定的条件；
母体血液胎儿亲子鉴定是在孕周6周后进行的，通过检测母体血液中游离态胎儿的DNA信息，并与可疑父亲进行比对分析以确定亲子关系。该方法使用SNP分型检测和二代测序技术，所得到的DNA数据与婴儿出生后进行的亲子鉴定所得到的数据是不相同的。这种方法适用于个人亲子鉴定，但不符合司法亲子鉴定的条件。
胎儿亲子鉴定的准确性通常通过非父排除率大于0.9999来判定，即能够100%确定排除亲子关系，而肯定的亲权概率则大于99.99%。无论是胎儿羊水亲子鉴定还是母体血液胎儿亲子鉴定，都需要满足这样的质控标准才能给出符合要求的鉴定意见，否则无法提供鉴定结论。
3、胎儿亲子鉴定的安全性
胎儿亲子鉴定的安全性有两个方面，一是对胎儿的安全性，二是对孕妇的安全性。胎儿羊水亲子鉴定需要采集羊水样本，而母血胎儿亲子鉴定则需要采集孕妇的静脉血样本，两者的采样方式不同。那么，这两种鉴定方法是否安全呢？
进行羊水亲子鉴定需要进行羊水穿刺，为了确保安全，通常在采集羊水前会进行四项体检：B超检查、血常规检查、凝血四项检查和传染病五项检查。这些体检是必不可少的，以保障孕妇和胎儿的安全。
而母血胎儿亲子鉴定只需要采集孕妇的静脉血样本，与普通的体检抽血相似，只是所用采血管有所区别。因此，母血胎儿亲子鉴定也常被称为无创胎儿亲子鉴定。
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