亲子鉴定三联体和二联体的区别在于参与鉴定的人数不同。二联体是指父亲或母亲与孩子两个人进行鉴定，结果可以确定或否定亲子关系。而三联体则是指父亲、母亲和孩子三个人共同参与鉴定，结果有三种可能：第一种是确认孩子与父母双方亲生；
1、孩子有三种情况，一种是只与父母亲中的一方有亲子关系，另一方没有；另一种是与父母亲都有亲子关系；还有一种是与父母亲都没有亲子关系。在这三种情况中，三联体检测的准确度比二联体检测更高，可达到99.9999%以上。
2、三联体（双亲）亲子鉴定的准确性远高于二联体（单亲）鉴定。
3、每个个体都是由父方提供的精子和母方提供的卵子结合而形成的。因此，每个个体所携带的基因一半来自于父亲，一半来自于母亲。
进行三联体（父-子-母）鉴定可以准确获知父方传递给孩子的基因，因为母方的基因信息是可得到的。而二联体（如父-子）鉴定没有母亲的遗传信息作为参考，从而导致鉴定父子关系的准确性大幅下降（真正父源基因获知率从100%减少至50%），最终使得二联体鉴定的风险明显高于三联体。
因此，在亲子鉴定中，专业机构通常要求被鉴定方提供母亲样本以提高鉴定的准确性。然而，被鉴定方往往不能理解这一点，并以“只需鉴定父子关系”为由拒绝提供母方样本。
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